FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 35.03 Feb. 18, 2008 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448Query: /data/www/cpndb/fasta_results/b32834
1>>>b32834 552 nt - 552 nt Library: /data/www/cpndb/blastDBs/reference_a_nut 10433008 residues in 18820 sequences 10433008 residues in 18820 sequences Statistics: MLE_cen statistics: Lambda= 0.0042; K=8.999e-06 (cen=941) Algorithm: FASTA (3.5 Sept 2006) [optimized] Parameters: +5/-4 matrix (5:-4) ktup: 6 join: 51, opt: 36, open/ext: -12/-4, width: 16 Scan time: 2.290
The best scores are: opt bits E(18820) b32835 MH922782 Candidatus Phytoplasma palmae ( 552) [f] 2008 29.0 11 align b32836 MH922783 Candidatus Phytoplasma palmae ( 552) [f] 2008 29.0 11 align b34437 KY779619 Candidatus Phytoplasma palmae ( 552) [f] 1981 28.9 12 align b35242 VIAE01000001.1 Candidatus Phytoplasma p ( 552) [f] 1770 27.6 29 align b31184 MH279493 Candidatus Phytoplasma oryzae ( 552) [f] 1693 27.1 40 align b31589 NZ_LTBM01000001 Candidatus Phytoplasma ( 552) [f] 1666 26.9 45 align b27157 KND62606 Candidatus Phytoplasma phoenic ( 552) [f] 1662 26.9 46 align b31188 KY986918 Candidatus Phytoplasma phoenic ( 552) [f] 1635 26.7 51 align b27158 KJ939989 Candidatus Phytoplasma phoenic ( 552) [f] 1626 26.7 53 align b27183 KF383985 Candidatus Phytoplasma cynodon ( 555) [f] 1624 26.7 54 align b27185 KJ000023 Candidatus Phytoplasma cynodon ( 555) [f] 1624 26.7 54 align b27184 KJ000022 Candidatus Phytoplasma cynodon ( 555) [f] 1624 26.7 54 align b31185 MH279492 Candidatus Phytoplasma cynodon ( 555) [f] 1615 26.6 56 align b27180 KF383984 Candidatus Phytoplasma cynodon ( 555) [f] 1606 26.6 58 align b27182 KF383983 Candidatus Phytoplasma cynodon ( 552) [f] 1596 26.5 61 align b27181 KF383982 Candidatus Phytoplasma cynodon ( 552) [f] 1596 26.5 61 align b27166 KJ940007 Candidatus Phytoplasma prunoru ( 552) [f] 1491 25.9 94 align b27167 KJ939975 Candidatus Phytoplasma prunoru ( 552) [f] 1482 25.8 98 align b27162 KJ940001 Candidatus Phytoplasma pyri Pe ( 552) [f] 1473 25.8 1e+02 align b27164 KJ940003 Candidatus Phytoplasma pyri Pe ( 552) [f] 1473 25.8 1e+02 align
>>>b32834, 552 nt vs /data/www/cpndb/blastDBs/reference_a_nut library
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b31589 GGTGTTATTAATGTTGATGAATCTAAAGGATTTGAAACTGAGTTAGAAGTAGTGCAAGGA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
b32834 ATGCAATATGATAAAGGTTATGTTTCGCCTCATTTTGTAACTAATAAAGAAAATATGTCT
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b31589 ATGCAATATGACAAAGGTTATGTTTCACCTCATTTTGTAACTAATAAAGAAAATATGTCA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:: ::: : ::: :: :::::::::::::::::::::::::: : :::::: :: ::
b31589 GTAGAATTAGAACAAACTTCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATCAATAATATTCATGAA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGTTAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCTGAT
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b31589 ATACGTCCTTTATTAGAAGATATAATCAAAAATTCAACTCCTTTGCTTATTATTGCGGAT
430 440 450 460 470 480
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b32834 TCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTTAAC
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b31589 TCATTTGAAAATGATTTAATTAGTACTTTAATATTTAATAAAATCAGTGGAGTGTTTAAT
490 500 510 520 530 540
550
b32834 GTTGTTGCAACT
:: :: :: ::
b31589 GTAGTAGCTACC
550
10 20 30 40 50 60
b32834 GCAACTGTTTTAGCCCAATATATGATTCAAAAAGGTTTTAAATGTGTAAATTCTGGTTCA
:: ::::: ::::: ::: : ::::: :: ::::: ::: ::: ::: ::::::::: :
b27157 GCTACTGTATTAGCACAAAAAATGATACATAAAGGGTTTCAATTTGTTAATTCTGGTGCT
10 20 30 40 50 60
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
:::::: ::: :: : :::::::::: :: ::::: ::: : :::: :: :::
b27157 AAAGCTGTTTCAATTAAAGAAGGAATTATAAAAGCTTCTCGAGAAGTAGTTACAAGACTT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
:::: :: : :::::: ::: :: :: : ::::::::::: :::: :::::::
b27157 TTAGCTAAGTCAAAACCTATAGAAACACAAGGTGATATCGAAAACGTAGCCACTATTTCT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
:::::: ::: : ::::: : :::::::::::::: ::::: ::::: :::::::::
b27157 TCTGGTCAAAAAGAAATAGGACATATTATAGCTTCAGCAATGGAGAAAGTGACTAAAAAA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
:::::::::::::: :::::::::::::: ::: :::: ::: ::::::: :: : :::
b27157 GGTGTTATTAGTGTAGATGAATCTAAAGGATTTGAAACTGAACTAGAAGTAGTACAAGGT
250 260 270 280 290 300
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b32834 ATGCAATATGATAAAGGTTATGTTTCGCCTCATTTTGTAACTAATAAAGAAAATATGTCT
:: ::::::::::::::::: :::: ::::::::::: :: :: :::::::::::::::
b27157 TTGAAATATGATAAAGGTTATATTTCTCCTCATTTTGTCACCAACAAAGAAAATATGTCT
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b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:: :: : ::: :: : :: ::::: :: :::::::::::::::::: : :::::
b27157 GTAGATTTTGAACAAGCTGCAGTATTAGTGACAGATCATAAAATTAGTAATTTACAAGAA
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b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGTTAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCTGAT
:: :::::: : :: ::::: ::::::::: ::::::::::::: : :::::::::: :
b27157 ATTCGTTCTCTTTTAGAAGAGGTAGTTAAAAATTCTACTCCTTTGCTTATTATTGCTGCT
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b32834 TCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTTAAC
:: : :::: :::: :: : :: : ::::: :::::::: ::::: :: :::::
b27157 TCTTTTGAAAATGATGCTATAGGTGCTTTGGTTTTCAATAAAATTAGTGGAGTATTTAAT
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550
b32834 GTTGTTGCAACT
:: :: :: :::
b27157 GTAGTAGCTACT
550
10 20 30 40 50 60
b32834 GCAACTGTTTTAGCCCAATATATGATTCAAAAAGGTTTTAAATGTGTAAATTCTGGTTCA
::::: :::::::: ::: : :::::::: ::::::::: : : ::: :::::::: :
b31188 GCAACCGTTTTAGCGCAAAAAATGATTCATAAAGGTTTTCAGTTTGTTAATTCTGGCGCT
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
:::::: ::: :: : :::::: ::: :::: ::::: ::::: ::: ::
b31188 AAAGCTGTTTCTATTAAAGAAGGTATTACGAGAGCTTCTCAAGAAGTTGTATCAAAACTG
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b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
::: ::: : :::::::: : :: :: : ::::::::::: :::: :::::::
b31188 TTATCTAAATCAAAACCTGTCGAAACACAAGGCGATATCGAAAACGTAGCAACTATTTCT
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b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
:: ::: ::: : :::::: ::::::::::: :: :::::::::::::::::::::
b31188 TCCGGTCAGAAAGAAATAGGTCGTATTATAGCTTCGGCAATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
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b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
:::::::::::::: :: ::::::::::: ::: :::: ::: : ::::: :: : :::
b31188 GGTGTTATTAGTGTAGACGAATCTAAAGGATTTGAAACTGAACTTGAAGTAGTACAAGGT
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:: ::::::::::::::::: :::: ::::::::::: :: :: :::::::::::::::
b31188 TTGAAATATGATAAAGGTTATATTTCTCCTCATTTTGTCACCAACAAAGAAAATATGTCT
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b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:: ::: : ::: :: :: :: ::::: :: :::::::::::::::::: : :::::
b31188 GTAGAATTTGAACAAGCTTCAGTATTAGTTACAGATCATAAAATTAGTAATTTACAAGAA
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b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGTTAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCTGAT
:: :::::::: :: ::::: :::: :::: :::::::::::: : :::::::::: :
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b32834 TCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTTAAC
:: : :::: ::: :: : :: : :::::::::::::: :: :: :: :::::
b31188 TCTTTTGAAAATGACGCTATAGGTGCTTTAGTTTTTAATAAAATTAGCGGCGTGTTTAAT
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550
b32834 GTTGTTGCAACT
:: :: :: :::
b31188 GTAGTAGCTACT
550
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b32834 GCAACTGTTTTAGCCCAATATATGATTCAAAAAGGTTTTAAATGTGTAAATTCTGGTTCA
:: :: :: ::::: ::: : :::::::: ::::: ::: : : ::: ::::::::: :
b27158 GCTACAGTATTAGCACAAAAAATGATTCATAAAGGATTTCAGTTTGTTAATTCTGGTGCT
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
:::::: ::: :: : :::::: ::: : :::: : ::: :::: ::: ::
b27158 AAAGCTGTTTCTATTAAAGAAGGTATTATGAGAGCTTCCCAAGAAGTAGTATCAAAACTG
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b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
:::: ::: : :::::::: : :: :: ::::: ::::: :::: :::::::
b27158 TTAGCTAAATCAAAACCTGTCGAAACACAAAGTGATATTGAAAACGTAGCAACTATTTCT
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b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
:::::: ::: ::::::: ::::::::::: :: :::::::::::::::::::::
b27158 TCTGGTCAAAAAGATATAGGCCGTATTATAGCTTCGGCAATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
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b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
:::::::::: :: :::::::::::::: ::: :::: ::: : ::::: :: :: :::
b27158 GGTGTTATTAACGTAGATGAATCTAAAGGATTTGAAACTGAACTTGAAGTAGTAAAAGGT
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b32834 ATGCAATATGATAAAGGTTATGTTTCGCCTCATTTTGTAACTAATAAAGAAAATATGTCT
:: ::::::::::::::::: :::: ::::::::::: :: :: :::::::::::::::
b27158 TTGAAATATGATAAAGGTTATATTTCTCCTCATTTTGTCACCAACAAAGAAAATATGTCT
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b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:: ::: : ::: :: :: :: ::::: :: :::::::::::::::::: : :::::
b27158 GTAGAATTTGAACAAGCTTCAGTATTAGTTACAGATCATAAAATTAGTAATTTACAAGAA
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b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGTTAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCTGAT
:: :::::::: :: ::::: :::: :::: :::::::::::: : :::::::::: :
b27158 ATTCGTTCTATTTTAGAAGATGTAGTAAAAAATTCTACTCCTTTACTTATTATTGCTGCT
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b32834 TCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTTAAC
:: : :::: ::: : :: : :: : :::::::::::::: :: :: :: :::::
b27158 TCTTTTGAAAATGACGTTATAGGTGCTTTAGTTTTTAATAAAATTAGCGGAGTATTTAAT
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550
b32834 GTTGTTGCAACT
:: ::::: :::
b27158 GTAGTTGCTACT
550
10 20 30 40 50 60
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:: ::::: ::::: ::: :::: ::::: ::::: :: :::: : : :: : ::: :
b27183 GCTACTGTATTAGCTCAAAATATCATTCATAAAGGGTTCAAATTTATTGATGCAGGTGCT
10 20 30 40 50 60
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
::: : : :: : : :::::: :::::: :::: :: ::: ::: :: ::: : :
b27183 AAATCAACTTCAGTTAAAGAAGGTATTTTAAAAGCAGCAAAAAGAGTATCTCAAGAATTA
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130 140 150 160 170 180
b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
: ::::: ::::: ::::: ::::: :: ::::: :::::: ::::::::::::::
b27183 CTTAAAAAATCTAAATCTGTAACAACTCAAGAGGATATAGAAAATGTAGCTTCTATTTCA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
::::::::: :: : :::::::::::::: ::::: :: ::::::::::: :: :::::
b27183 TCTGGTAGCGAAGAAATAGGTAAAATTATCGCTTCTGCAATGGAAAAAGTAACAAAAAAC
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
:: : :::: :::::::::::: ::::::::: :::: ::::: ::::: ::: ::::
b27183 GGAATCATTAATGTTGATGAATCAAAAGGTTTTGAAACTGAATTGGAAGTAGTTCAGGGA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
b32834 ATGCAATATGATAAAGGTTATGTTTCGCCTCATTTTGTAACTAATAAAGAAAATATGTCT
::::::::::: :::::::: :: :: ::::::::::::::::: ::::::::::::::
b27183 ATGCAATATGAAAAAGGTTACGTATCACCTCATTTTGTAACTAACAAAGAAAATATGTCA
310 320 330 340 350 360
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b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:: ::: : :::::: : : :::::::::: ::::::::::: : :::::: : ::
b27183 GTAGAATTAGAAAAAGCTTATATTTTAGTAACAGATCATAAAATAAATAATATAAATGAA
370 380 390 400 410 420
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b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGT---TAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCT
::: : : :::: ::::: ::: : :::::: : :: ::::: :: :::::::::
b27183 ATAAGAAATCTATTAGAAGATATATTCAAAAAAACTGCAACACCTTTATTAATTATTGCT
430 440 450 460 470 480
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b32834 GATTCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTT
:: :: : :::: ::: :::::: :::: : : :: :: ::::: :::::: ::::
b27183 GAATCTTTCGAAAATGACGTAATTAGTACTTTAATATTAAACAAAATTAGTGGTATTTTA
490 500 510 520 530 540
540 550
b32834 AACGTTGTTGCAACT
:: :: :: :::::
b27183 AATGTAGTAGCAACA
550
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b32834 GCAACTGTTTTAGCCCAATATATGATTCAAAAAGGTTTTAAATGTGTAAATTCTGGTTCA
:: ::::: ::::: ::: :::: ::::: ::::: :: :::: : : :: : ::: :
b27185 GCTACTGTATTAGCTCAAAATATCATTCATAAAGGGTTCAAATTTATTGATGCAGGTGCT
10 20 30 40 50 60
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
::: : : :: : : :::::: :::::: :::: :: ::: ::: :: ::: : :
b27185 AAATCAACTTCAGTTAAAGAAGGTATTTTAAAAGCAGCAAAAAGAGTATCTCAAGAATTA
70 80 90 100 110 120
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b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
: ::::: ::::: ::::: ::::: :: ::::: :::::: ::::::::::::::
b27185 CTTAAAAAATCTAAATCTGTAACAACTCAAGAGGATATAGAAAATGTAGCTTCTATTTCA
130 140 150 160 170 180
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b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
::::::::: :: : :::::::::::::: ::::: :: ::::::::::: :: :::::
b27185 TCTGGTAGCGAAGAAATAGGTAAAATTATCGCTTCTGCAATGGAAAAAGTAACAAAAAAC
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b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
:: : :::: :::::::::::: ::::::::: :::: ::::: ::::: ::: ::::
b27185 GGAATCATTAATGTTGATGAATCAAAAGGTTTTGAAACTGAATTGGAAGTAGTTCAGGGA
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::::::::::: :::::::: :: :: ::::::::::::::::: ::::::::::::::
b27185 ATGCAATATGAAAAAGGTTACGTATCACCTCATTTTGTAACTAACAAAGAAAATATGTCA
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b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:: ::: : :::::: : : :::::::::: ::::::::::: : :::::: : ::
b27185 GTAGAATTAGAAAAAGCTTATATTTTAGTAACAGATCATAAAATAAATAATATAAACGAA
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b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGT---TAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCT
::: : : :::: ::::: ::: : :::::: : :: ::::: :: :::::::::
b27185 ATAAGAAATCTATTAGAAGATATATTCAAAAAAACTGCAACACCTTTATTAATTATTGCT
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
b32834 GATTCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTT
:: :: : :::: ::: :::::: :::: : : :: :: ::::: :::::: ::::
b27185 GAATCTTTCGAAAATGACGTAATTAGTACTTTAATATTAAACAAAATTAGTGGTATTTTA
490 500 510 520 530 540
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b32834 AACGTTGTTGCAACT
:: :: :: :::::
b27185 AATGTAGTAGCAACA
550
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b32834 GCAACTGTTTTAGCCCAATATATGATTCAAAAAGGTTTTAAATGTGTAAATTCTGGTTCA
:: ::::: ::::: ::: :::: ::::: ::::: :: :::: : : :: : ::: :
b27184 GCTACTGTATTAGCTCAAAATATCATTCATAAAGGGTTCAAATTTATTGATGCAGGTGCT
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
::: : : :: : : :::::: :::::: :::: :: ::: ::: :: ::: : :
b27184 AAATCAACTTCAGTTAAAGAAGGTATTTTAAAAGCAGCAAAAAGAGTATCTCAAGAATTA
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: ::::: ::::: ::::: ::::: :: ::::: :::::: ::::::::::::::
b27184 CTTAAAAAATCTAAATCTGTAACAACTCAAGAGGATATAGAAAATGTAGCTTCTATTTCA
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b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
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b27184 TCTGGTAGCGAAGAAATAGGTAAAATTATCGCTTCTGCAATGGAAAAAGTAACAAAAAAC
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b27184 GTAGAATTAGAAAAAGCTTATATTTTAGTAACAGATCATAAAATAAATAATATAAATGAA
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b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGT---TAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCT
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b27184 ATAAGAAATCTATTAGAAGATATATTCAAAAAAACTGCAACACCTTTATTAATTATTGCT
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550
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:: :: : :::: ::: :::::: :::: : : :: :: ::::: :::::: ::::
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:: :: :: :::::
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b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
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:: ::: : :::::: : : :::::::::: ::::::::::: : ::: :: : ::
b27182 GTAGAATTAGAAAAAGCTTATATTTTAGTAACAGATCATAAAATCAATAACATAAACGAA
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::: : : :::: ::::: ::: : :::::: : :: ::::: :: :::::::::
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:: :: : :::: ::: : :::: :::: : : :: :: ::::: :::::: ::::
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:: :: :: :::
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:::::::::::: : :::::::::::::: ::::: :: :: :::::::: :: :::::
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:: :::::: :::::::::::: ::::: ::: :::: ::::: ::::: ::: : ::
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:: ::: : :::::: : : :::::::::: ::::::::::: : ::: :: : ::
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::: : : :::: ::::: ::: : :::::: : :: ::::: :: :::::::::
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:: :: : :::: ::: : :::: :::: : : :: :: ::::: :::::: ::::
b27181 GAATCTTTCGAAAATGACGTGATTAGTACTTTAATATTAAACAAAATTAGTGGTATTTTA
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:: :: :: :::
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:: :: :::: : : ::::::::: : :::: : :: ::::: ::: :::
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::::::::: : ::::: ::: : :: :: :::::::: :::::: ::::::::::::::
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::::: :: ::: : :: :: ::::: :: :::: ::: ::: ::::::: :: :::::
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:::::::::::::::::::: : ::: ::: ::::::: : ::: : ::::: ::::::
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:::::: : ::: : : :::::::::: ::::::::::: : :::::: :::::
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:: : :::: :::::: :::::::: :: : :: :: :: :::::::::
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:: :::::: ::: : : : :: : : ::: : :::::::: : :: :::::
b27166 TCTGTAGAAAATGAAGTTACAAGTATTTTAGTTATCAATAAAATGAAAGGAACATTTAAT
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550
b32834 GTTGTTGCAACT
: :::: :::
b27166 ATAGTTGTTACT
550
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b32834 GCAACTGTTTTAGCCCAATATATGATTCAAAAAGGTTTTAAATGTGTAAATTCTGGTTCA
:::::: :: :::: ::: : :::::::: ::::::::: :: ::: ::: :
b27167 GCAACTCTTGTAGCTCAAAAAATGATTCATCGTGGTTTTAAAGCAATAGATTTAGGTGCT
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
:: :: :::: : : ::::::::: : :::: : :: ::::: ::: :::
b27167 AATCCTGTTTTAGTAAAAGAAGGAATAGAAAAAGCAACAAAACAAGTTATAGCAAAACTT
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b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
::::::::: : ::::: ::: : :: :: :::::::: :::::: ::::::::::::::
b27167 TTAGAAAAATCAAAACCAGTAATAACGCAAGAAGATATTGAAAATGTAGCTTCTATTTCA
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b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
::::: :: ::: : :: :: ::::: :: :::: ::: ::: ::::::: :: :::::
b27167 TCTGGAAGTAAAGAAATTGGAAAAATCATTGCTTTAGCAATGCAAAAAGTAACAAAAAAT
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b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
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b27162 GCTACTCTTTTAGCTCAAAAAATGATTCATCGTGGTTTCAAAGCAATAGATTTAGGTGCT
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b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
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b27162 AATCCTGTTTTAGTAAAAGAAGGAATAGAAAAAGCGACAAAACAAGTTATAGCAAAACTT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
::::::::: : ::::: ::: : :: :: ::::::::::::::: :::::::::::::
b27162 TTAGAAAAATCAAAACCAGTAATAACACAAGAAGATATCGAAAATGTAGCTTCTATTTCT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
::::: :: ::: : :: :: ::::: :: :::: ::: ::: ::::::: :: :::::
b27162 TCTGGAAGTAAAGAAATTGGAAAAATAATTGCTTTAGCAATGCAAAAAGTAACCAAAAAT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
:::::::::: :::::: ::::: ::::: ::: :::: :::::::::: ::: : :::
b27162 GGTGTTATTAATGTTGACGAATCAAAAGGATTTGAAACTAAATTAGAAGTAGTTGAAGGT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
b32834 ATGCAATATGATAAAGGTTATGTTTCGCCTCATTTTGTAACTAATAAAGAAAATATGTCT
::::::::::: :::::::::: ::::::: ::::::: : ::::: ::::: ::::::
b27162 ATGCAATATGACAAAGGTTATGCTTCGCCTTATTTTGTTAATAATAGAGAAACTATGTCA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:::::: : ::: :: : ::::::::::: ::::::::::: : :::::: :::::
b27162 GTTGAATTAGAACAACCTTTAGTTTTAGTAACAGATCATAAAATAAATAATATTCAAGAA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGTTAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCTGAT
:: : :::: :::::: :::: ::: :: : :: :: :: :::::::::
b27162 ATTTTACATTTATTAGAAGAAGTAGTGAAACAAGGTAAGTCATTATTAATAATTGCTGAT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
b32834 TCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTTAAC
:: :::::: ::: : : :: :: : : ::: : :: ::::: : :: :::::
b27162 TCTGTAGAAAATGAAGTTACTAGTATTTTAGTTATCAACAAAATGAAAGGGACATTTAAT
490 500 510 520 530 540
550
b32834 GTTGTTGCAACT
: :::: :::
b27162 ATAGTTGTTACT
550
10 20 30 40 50 60
b32834 GCAACTGTTTTAGCCCAATATATGATTCAAAAAGGTTTTAAATGTGTAAATTCTGGTTCA
:: ::: ::::::: ::: : :::::::: ::::: ::: :: ::: ::: :
b27164 GCTACTCTTTTAGCTCAAAAAATGATTCATCGTGGTTTCAAAGCAATAGATTTAGGTGCT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
b32834 AAAGCTATTTTGATGAGAGAAGGAATTTTACAAGCTGCTCAAAAAGTTTCCCAAAAGCTT
:: :: :::: : : ::::::::: : :::: : :: ::::: ::: :::
b27164 AATCCTGTTTTAGTAAAAGAAGGAATAGAAAAAGCAACAAAACAAGTTATAGCAAAACTT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
b32834 TTAGAAAAAACTAAACCTGTAGTTACTCAGGAAGATATCGAAAATATAGCTTCTATTTCA
::::::::: : ::::: ::: : :: :: ::::::::::::::: :::::::::::::
b27164 TTAGAAAAATCAAAACCAGTAATAACACAAGAAGATATCGAAAATGTAGCTTCTATTTCT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
b32834 TCTGGTAGCAAAAATATAGGTAAAATTATAGCTTCAGCTATGGAAAAAGTTACTAAAAAA
::::: :: ::: : :: :: ::::: :: :::: ::: ::: ::::::: :: :::::
b27164 TCTGGAAGTAAAGAAATTGGAAAAATAATTGCTTTAGCAATGCAAAAAGTAACCAAAAAT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
b32834 GGTGTTATTAGTGTTGATGAATCTAAAGGTTTTAAAACAGAATTAGAAGTCGTTAAGGGT
:::::::::: :::::: ::::: ::::: ::: :::: :::::::::: ::: : :::
b27164 GGTGTTATTAATGTTGACGAATCAAAAGGATTTGAAACTAAATTAGAAGTAGTTGAAGGT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
b32834 ATGCAATATGATAAAGGTTATGTTTCGCCTCATTTTGTAACTAATAAAGAAAATATGTCT
::::::::::: :::::::::: ::::::: ::::::: : ::::: ::::: ::::::
b27164 ATGCAATATGACAAAGGTTATGCTTCGCCTTATTTTGTTAATAATAGAGAAACTATGTCA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
b32834 GTTGAAATGGAAAAATTATCTGTTTTAGTAACTGATCATAAAATTAGTAATATCCAAGAG
:::::: : ::: :: : ::::::::::: ::::::::::: : :::::: :::::
b27164 GTTGAATTAGAACAACCTTTAGTTTTAGTAACAGATCATAAAATAAATAATATTCAAGAA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
b32834 ATACGTTCTATATTGGAAGAAATAGTTAAAACTTCTACTCCTTTGTTGATTATTGCTGAT
:: : :::: :::::: :::: ::: :: : :: :: :: :::::::::
b27164 ATTTTACATTTATTAGAAGAAGTAGTGAAACAAGGTAAGTCATTATTAATAATTGCTGAT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
b32834 TCAATAGAAACTGATATAATTAATACTCTTGTTTTTAATAAAATAAGTGGTGTTTTTAAC
:: :::::: ::: : : :: :: : : ::: : :: ::::: : :: :::::
b27164 TCTGTAGAAAATGAAGTTACTAGTATTTTAGTTATCAACAAAATGAAAGGGACATTTAAT
490 500 510 520 530 540
550
b32834 GTTGTTGCAACT
: :::: :::
b27164 ATAGTTGTTACT
550
>>b32835 MH922782 Candidatus Phytoplasma palmae Sab4 (552 nt)
initn: 1993 init1: 1993 opt: 2008 Z-score: 103.9 bits: 29.0 E(): 11
banded Smith-Waterman score: 2008; 85.2% identity (85.2% similar) in 554 nt overlap (1-552:1-552)
>>b32836 MH922783 Candidatus Phytoplasma palmae Palm A-D (552 nt)
initn: 1993 init1: 1993 opt: 2008 Z-score: 103.9 bits: 29.0 E(): 11
banded Smith-Waterman score: 2008; 85.2% identity (85.2% similar) in 554 nt overlap (1-552:1-552)
>>b34437 KY779619 Candidatus Phytoplasma palmae Cocos nu (552 nt)
initn: 1966 init1: 1966 opt: 1981 Z-score: 103.0 bits: 28.9 E(): 12
banded Smith-Waterman score: 1981; 84.7% identity (84.7% similar) in 554 nt overlap (1-552:1-552)
>>b35242 VIAE01000001.1 Candidatus Phytoplasma pini MDPP (552 nt)
initn: 1753 init1: 1753 opt: 1770 Z-score: 96.0 bits: 27.6 E(): 29
banded Smith-Waterman score: 1770; 80.1% identity (80.1% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
>>b31184 MH279493 Candidatus Phytoplasma oryzae SCWL (552 nt)
initn: 1668 init1: 1668 opt: 1693 Z-score: 93.5 bits: 27.1 E(): 40
banded Smith-Waterman score: 1693; 78.6% identity (78.6% similar) in 551 nt overlap (1-551:1-551)
>>b31589 NZ_LTBM01000001 Candidatus Phytoplasma oryzae M (552 nt)
initn: 1594 init1: 1594 opt: 1666 Z-score: 92.6 bits: 26.9 E(): 45
banded Smith-Waterman score: 1666; 78.0% identity (78.0% similar) in 551 nt overlap (1-551:1-551)
>>b27157 KND62606 Candidatus Phytoplasma phoenicium Almo (552 nt)
initn: 1444 init1: 1444 opt: 1662 Z-score: 92.5 bits: 26.9 E(): 46
banded Smith-Waterman score: 1662; 77.9% identity (77.9% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
>>b31188 KY986918 Candidatus Phytoplasma phoenicium Chic (552 nt)
initn: 1546 init1: 1546 opt: 1635 Z-score: 91.6 bits: 26.7 E(): 51
banded Smith-Waterman score: 1635; 77.4% identity (77.4% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
>>b27158 KJ939989 Candidatus Phytoplasma phoenicium Braz (552 nt)
initn: 1498 init1: 1498 opt: 1626 Z-score: 91.3 bits: 26.7 E(): 53
banded Smith-Waterman score: 1626; 77.2% identity (77.2% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
>>b27183 KF383985 Candidatus Phytoplasma cynodontis Berm (555 nt)
initn: 1351 init1: 1131 opt: 1624 Z-score: 91.2 bits: 26.7 E(): 54
banded Smith-Waterman score: 1624; 77.3% identity (77.3% similar) in 554 nt overlap (1-551:1-554)
>>b27185 KJ000023 Candidatus Phytoplasma cynodontis Berm (555 nt)
initn: 1351 init1: 1131 opt: 1624 Z-score: 91.2 bits: 26.7 E(): 54
banded Smith-Waterman score: 1624; 77.3% identity (77.3% similar) in 554 nt overlap (1-551:1-554)
>>b27184 KJ000022 Candidatus Phytoplasma cynodontis Berm (555 nt)
initn: 1351 init1: 1131 opt: 1624 Z-score: 91.2 bits: 26.7 E(): 54
banded Smith-Waterman score: 1624; 77.3% identity (77.3% similar) in 554 nt overlap (1-551:1-554)
>>b31185 MH279492 Candidatus Phytoplasma cynodontis BGWL (555 nt)
initn: 1394 init1: 1174 opt: 1615 Z-score: 90.9 bits: 26.6 E(): 56
banded Smith-Waterman score: 1615; 77.1% identity (77.1% similar) in 554 nt overlap (1-551:1-554)
>>b27180 KF383984 Candidatus Phytoplasma cynodontis Berm (555 nt)
initn: 1367 init1: 1156 opt: 1606 Z-score: 90.6 bits: 26.6 E(): 58
banded Smith-Waterman score: 1606; 76.9% identity (76.9% similar) in 554 nt overlap (1-551:1-554)
>>b27182 KF383983 Candidatus Phytoplasma cynodontis Berm (552 nt)
initn: 1367 init1: 1156 opt: 1596 Z-score: 90.3 bits: 26.5 E(): 61
banded Smith-Waterman score: 1596; 76.8% identity (76.8% similar) in 552 nt overlap (1-549:1-552)
>>b27181 KF383982 Candidatus Phytoplasma cynodontis Berm (552 nt)
initn: 1367 init1: 1156 opt: 1596 Z-score: 90.3 bits: 26.5 E(): 61
banded Smith-Waterman score: 1596; 76.8% identity (76.8% similar) in 552 nt overlap (1-549:1-552)
>>b27166 KJ940007 Candidatus Phytoplasma prunorum Europe (552 nt)
initn: 1459 init1: 1459 opt: 1491 Z-score: 86.8 bits: 25.9 E(): 94
banded Smith-Waterman score: 1491; 74.5% identity (74.5% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
>>b27167 KJ939975 Candidatus Phytoplasma prunorum Europe (552 nt)
initn: 1450 init1: 1450 opt: 1482 Z-score: 86.5 bits: 25.8 E(): 98
banded Smith-Waterman score: 1482; 74.3% identity (74.3% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
>>b27162 KJ940001 Candidatus Phytoplasma pyri Pear decli (552 nt)
initn: 1362 init1: 1362 opt: 1473 Z-score: 86.2 bits: 25.8 E(): 1e+02
banded Smith-Waterman score: 1473; 74.1% identity (74.1% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
>>b27164 KJ940003 Candidatus Phytoplasma pyri Pear decli (552 nt)
initn: 1362 init1: 1362 opt: 1473 Z-score: 86.2 bits: 25.8 E(): 1e+02
banded Smith-Waterman score: 1473; 74.1% identity (74.1% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
552 residues in 1 query sequences
10433008 residues in 18820 library sequences
Scomplib [35.03]
start: Mon Jul 22 06:37:40 2024 done: Mon Jul 22 06:37:43 2024
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Function used was FASTA [version 35.03 Feb. 18, 2008]