/var/www/html/cpndb/fasta_results/b16509.fasta# /data/www/cpndb/fasta35 -E 200 -Q -m 6 -b 20 -d 20 -z 2 -H /data/www/cpndb/fasta_results/b16509 /data/www/cpndb/blastDBs/reference_a_nut
<pre>
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank
 version 35.03 Feb. 18, 2008
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

</pre>
Query: /data/www/cpndb/fasta_results/b16509
<pre>
  1>>>b16509 552 nt - 552 nt
Library: /data/www/cpndb/blastDBs/reference_a_nut 10433008 residues in 18820 sequences

10433008 residues in 18820 sequences
Statistics: MLE_cen statistics: Lambda= 0.0028;  K=1.11e-05 (cen=941)
Algorithm: FASTA (3.5 Sept 2006) [optimized]
Parameters: +5/-4 matrix (5:-4) ktup: 6
 join: 51, opt: 36, open/ext: -12/-4, width:  16
 Scan time:  2.260
</pre>
<p>
<hr>
<p>
<p><pre>

The best scores are:                                      opt bits E(18820)
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11973',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11973" target=_"blank">b11973</a> NZ_ABDX01000005 Clostridium perfringens ( 552) [f] 2688 27.5      31 <A HREF="#b11973">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b1493',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b1493" target=_"blank">b1493</a> NC_003366 Clostridium perfringens strain ( 552) [f] 2670 27.4      32 <A HREF="#b1493">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b429',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b429" target=_"blank">b429</a> X62914 Clostridium perfringens            ( 552) [f] 2670 27.4      32 <A HREF="#b429">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b9316',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b9316" target=_"blank">b9316</a> NC_008261 Clostridium perfringens ATCC 1 ( 552) [f] 2670 27.4      32 <A HREF="#b9316">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11974',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11974" target=_"blank">b11974</a> NZ_ABDW01000005 Clostridium perfringens ( 552) [f] 2670 27.4      32 <A HREF="#b11974">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11975',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11975" target=_"blank">b11975</a> NZ_ABDV01000033 Clostridium perfringens ( 552) [f] 2670 27.4      32 <A HREF="#b11975">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11994',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11994" target=_"blank">b11994</a> ABDY01000004 Clostridium perfringens NC ( 552) [f] 2661 27.4      33 <A HREF="#b11994">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b20408',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b20408" target=_"blank">b20408</a> ADLP01000011 Clostridium perfringens WA ( 552) [f] 2661 27.4      33 <A HREF="#b20408">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b10962',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b10962" target=_"blank">b10962</a> NZ_ABDU01000081 Clostridium perfringens ( 552) [f] 2661 27.4      33 <A HREF="#b10962">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11976',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11976" target=_"blank">b11976</a> ABOO01000018 Clostridium perfringens D  ( 552) [f] 2643 27.3      35 <A HREF="#b11976">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b20482',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b20482" target=_"blank">b20482</a> AFES01000033 Clostridium perfringens F2 ( 552) [f] 2643 27.3      35 <A HREF="#b20482">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b27350',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b27350" target=_"blank">b27350</a> NZ_AOIF01000149 Clostridium  saccharope ( 552) [f] 2067 24.9 1.8e+02 <A HREF="#b27350">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b23367',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b23367" target=_"blank">b23367</a> NC_020291 Clostridium saccharoperbutyla ( 552) [f] 2067 24.9 1.8e+02 <A HREF="#b23367">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b6800',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b6800" target=_"blank">b6800</a> AY691239 Clostridium saccharoperbutylace ( 552) [f] 2067 24.9 1.8e+02 <A HREF="#b6800">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29176',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29176" target=_"blank">b29176</a> NZ_LZZM01000143 Clostridium puniceum DS ( 552) [f] 2053 24.9 1.9e+02 <A HREF="#b29176">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b7881',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b7881" target=_"blank">b7881</a> CP000721 Clostridium beijerinckii NCIMB  ( 552) [f] 2031 24.8   2e+02 <A HREF="#b7881">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b20023',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b20023" target=_"blank">b20023</a> CM001240  Clostridium sp. DL-VIII       ( 552) [f] 2031 24.8   2e+02 <A HREF="#b20023">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29173',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29173" target=_"blank">b29173</a> NZ_LZZB01000147 Clostridium beijerincki ( 552) [f] 2031 24.8   2e+02 <A HREF="#b29173">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29876',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29876" target=_"blank">b29876</a> NHZR01000026  Clostridium  diolis NJP7  ( 552) [f] 2022 24.7   2e+02 <A HREF="#b29876">align</A>
<a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29171',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29171" target=_"blank">b29171</a> NZ_LZZA01000139 Clostridium saccharobut ( 552) [f] 2008 24.7 2.1e+02 <A HREF="#b29171">align</A>
</pre><p><hr><p>

>>>b16509, 552 nt vs /data/www/cpndb/blastDBs/reference_a_nut library

<A name=b11973>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11973',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11973" target=_"blank">b11973</a> NZ_ABDX01000005 Clostridium perfringens F4969    (552 nt)
 initn: 2688 init1: 2688 opt: 2688  Z-score: 95.6  bits: 27.5 E():   31
banded Smith-Waterman score: 2688; 98.6% identity (98.6% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b11973 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
b11973 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAAACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11973 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11973 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11973 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11973 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b11973 GCTGTTTTAGATAATCCATTAGTATTAATAACAGATAAGAAAATAAGCAATATACAAGAT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
b11973 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGTAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11973 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b11973 TGTGTTGGAGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b1493>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b1493',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b1493" target=_"blank">b1493</a> NC_003366 Clostridium perfringens strain 13       (552 nt)
 initn: 2670 init1: 2670 opt: 2670  Z-score: 95.2  bits: 27.4 E():   32
banded Smith-Waterman score: 2670; 98.2% identity (98.2% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b1493  GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
b1493  AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAAACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b1493  CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
b1493  GCGGCTGATGAAAAAATTGGTAAGCTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b1493  GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b1493  ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b1493  GCTGTTTTAGATAATCCATTAGTATTAATAACAGATAAGAAAATAAGCAATATACAAGAT
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
b1493  TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGTAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b1493  GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
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              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b1493  TGTGTTGGAGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b429>
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                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b429" target=_"blank">b429</a> X62914 Clostridium perfringens                     (552 nt)
 initn: 2670 init1: 2670 opt: 2670  Z-score: 95.2  bits: 27.4 E():   32
banded Smith-Waterman score: 2670; 98.2% identity (98.2% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b429   GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
               10        20        30        40        50        60

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       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
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b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b429   CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b429   GGAGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
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       :::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
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b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
b429   TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGTAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAT
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       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b429   TGTGTTGGAGTT
              550  

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<A name=b9316>
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                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b9316" target=_"blank">b9316</a> NC_008261 Clostridium perfringens ATCC 13124      (552 nt)
 initn: 2670 init1: 2670 opt: 2670  Z-score: 95.2  bits: 27.4 E():   32
banded Smith-Waterman score: 2670; 98.2% identity (98.2% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b9316  GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
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       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
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       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b9316  TGTGTTGGAGTT
              550  

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<A name=b11974>
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 initn: 2670 init1: 2670 opt: 2670  Z-score: 95.2  bits: 27.4 E():   32
banded Smith-Waterman score: 2670; 98.2% identity (98.2% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b11974 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
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b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b11974 GCTGTTTTAGATAATCCATTAGTATTAATAACAGATAAGAAAATAAGCAATATACAAGAT
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
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       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11974 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
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              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b11974 TGTGTTGGAGTT
              550  

</pre>
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<A name=b11975>
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>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11975',
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 initn: 2670 init1: 2670 opt: 2670  Z-score: 95.2  bits: 27.4 E():   32
banded Smith-Waterman score: 2670; 98.2% identity (98.2% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b11975 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
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b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
b11975 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAAACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
               70        80        90       100       110       120

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b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11975 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
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b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11975 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
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b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11975 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
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b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       :::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11975 ATGCAATTTGATAGGGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
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b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::: ::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b11975 GCTATTTTAGATAATCCATTAGTATTAATAACAGATAAGAAAATAAGCAATATACAAGAT
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b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
b11975 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGTAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAT
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b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11975 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
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              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b11975 TGTGTTGGAGTT
              550  

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<A name=b11994>
<pre>
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                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11994" target=_"blank">b11994</a> ABDY01000004 Clostridium perfringens NCTC 8239   (552 nt)
 initn: 2661 init1: 2661 opt: 2661  Z-score: 95.0  bits: 27.4 E():   33
banded Smith-Waterman score: 2661; 98.0% identity (98.0% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b11994 GCTACCTTATTAGCACAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
b11994 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAAACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
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b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11994 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
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       :: ::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
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b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
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b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
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       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11994 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
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              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b11994 TGTGTTGGAGTT
              550  

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<A name=b20408>
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                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b20408" target=_"blank">b20408</a> ADLP01000011 Clostridium perfringens WAL-14572   (552 nt)
 initn: 2661 init1: 2661 opt: 2661  Z-score: 95.0  bits: 27.4 E():   33
banded Smith-Waterman score: 2661; 98.0% identity (98.0% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
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       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
b20408 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAAACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :: ::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::: ::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
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b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b20408 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
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              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
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              550  

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<A name=b10962>
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 initn: 2661 init1: 2661 opt: 2661  Z-score: 95.0  bits: 27.4 E():   33
banded Smith-Waterman score: 2661; 98.0% identity (98.0% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b10962 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
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b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
b10962 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAAACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
               70        80        90       100       110       120

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b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::
b10962 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGGGTTGCTGCAATTTCA
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       :: ::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
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       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b10962 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b10962 TGTGTTGGAGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b11976>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b11976',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b11976" target=_"blank">b11976</a> ABOO01000018 Clostridium perfringens D str. JGS  (552 nt)
 initn: 2622 init1: 2622 opt: 2643  Z-score: 94.6  bits: 27.3 E():   35
banded Smith-Waterman score: 2643; 97.6% identity (97.6% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       ::::: :::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b11976 GCTACATTATTAGCACAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
b11976 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAAACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
               70        80        90       100       110       120

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b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11976 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

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b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11976 GCGGCTGATGAAAAAATTGGTAAGCTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11976 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
              250       260       270       280       290       300

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b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11976 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

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b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::: 
b11976 GCTGTTTTAGATAATCCATTAGTATTAATAACAGATAAGAAAATAAGCAATATACAAGAC
              370       380       390       400       410       420

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b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
b11976 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGTAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAT
              430       440       450       460       470       480

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b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b11976 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b11976 TGTGTTGGAGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b20482>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b20482',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b20482" target=_"blank">b20482</a> AFES01000033 Clostridium perfringens F262        (552 nt)
 initn: 2622 init1: 2622 opt: 2643  Z-score: 94.6  bits: 27.3 E():   35
banded Smith-Waterman score: 2643; 97.6% identity (97.6% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       ::::: :::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::
b20482 GCTACATTATTAGCGCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGGGCA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::: ::::
b20482 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCGGTTGAAAAAGCTGTAGAGGGAATA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b20482 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

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b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
b20482 GCGGCTGATGAAAAAATTGGTAAGCTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

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b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b20482 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
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b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b20482 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

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b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b20482 GCTGTTTTAGATAATCCATTAGTATTAATAACAGATAAGAAAATAAGCAATATACAAGAT
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b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::: 
b20482 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGTAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAT
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b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b20482 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACAACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :::::::::
b20482 TGTGTTGGAGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b27350>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b27350',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b27350" target=_"blank">b27350</a> NZ_AOIF01000149 Clostridium  saccharoperbutylac  (552 nt)
 initn: 1993 init1: 1993 opt: 2067  Z-score: 81.8  bits: 24.9 E(): 1.8e+02
banded Smith-Waterman score: 2067; 86.1% identity (86.1% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: :: ::::: :::::::: :: :::::::::::::::::::::::::: ::::: 
b27350 GCAACTTTGTTAGCACAAGCAATAATCAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCTGGAGCT
               10        20        30        40        50        60

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b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :::::::: ::::: :::: ::: ::::: :  :: :: ::::::::::: :: ::::: 
b27350 AATCCTATTTTAATCAGAACTGGTATTAAAATGGCTGTAGAAAAAGCTGTTGAAGAAATT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
        :::: ::::::::::  ::: ::::::::::::: :: :::::::::::::::::::::
b27350 AAAAAGATTTCTAAGCAAGTAGATGGAAAAGAAGATATCGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

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b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::: :: ::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b27350 GCTGCTGATGAAGAAGTTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAAGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :::::::: ::  :::::::::::::::::::::::::::: :::::::: ::::: :: 
b27350 GGCGTTATTACAATAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAATTAGATGTAGTTGAGGGA
              250       260       270       280       290       300

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b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::: ::::::::: ::: ::::::::::::::::::
b27350 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCACCTTATATGGCTACAGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       :: :::::::: :::::::  ::::::::::: :::::::: ::    ::::: ::::: 
b27350 GCAGTTTTAGAAAATCCATATATATTAATAACTGATAAGAAGATTTCAAATATTCAAGAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        : :::::: : ::::: ::::: :::::: :::: :::::: : ::::: :: ::::: 
b27350 ATCTTACCAGTGCTTGAACAAATCGTTCAATCAGGTAAAAAATTATTAATTATTGCTGAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       :: :: ::::: ::::: ::: :::::::::: ::::::::::::::::::::::: :::
b27350 GACATTGAAGGAGAAGCAATGGCTACATTAGTAGTTAATAAATTAAGAGGAACATTCACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :::
b27350 TGTGTAGCTGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b23367>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b23367',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b23367" target=_"blank">b23367</a> NC_020291 Clostridium saccharoperbutylacetonicu  (552 nt)
 initn: 1993 init1: 1993 opt: 2067  Z-score: 81.8  bits: 24.9 E(): 1.8e+02
banded Smith-Waterman score: 2067; 86.1% identity (86.1% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: :: ::::: :::::::: :: :::::::::::::::::::::::::: ::::: 
b23367 GCAACTTTGTTAGCACAAGCAATAATCAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCTGGAGCT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :::::::: ::::: :::: ::: ::::: :  :: :: ::::::::::: :: ::::: 
b23367 AATCCTATTTTAATCAGAACTGGTATTAAAATGGCTGTAGAAAAAGCTGTTGAAGAAATT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
        :::: ::::::::::  ::: ::::::::::::: :: :::::::::::::::::::::
b23367 AAAAAGATTTCTAAGCAAGTAGATGGAAAAGAAGATATCGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::: :: ::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b23367 GCTGCTGATGAAGAAGTTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAAGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :::::::: ::  :::::::::::::::::::::::::::: :::::::: ::::: :: 
b23367 GGCGTTATTACAATAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAATTAGATGTAGTTGAGGGA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::: ::::::::: ::: ::::::::::::::::::
b23367 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCACCTTATATGGCTACAGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       :: :::::::: :::::::  ::::::::::: :::::::: ::    ::::: ::::: 
b23367 GCAGTTTTAGAAAATCCATATATATTAATAACTGATAAGAAGATTTCAAATATTCAAGAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        : :::::: : ::::: ::::: :::::: :::: :::::: : ::::: :: ::::: 
b23367 ATCTTACCAGTGCTTGAACAAATCGTTCAATCAGGTAAAAAATTATTAATTATTGCTGAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       :: :: ::::: ::::: ::: :::::::::: ::::::::::::::::::::::: :::
b23367 GACATTGAAGGAGAAGCAATGGCTACATTAGTAGTTAATAAATTAAGAGGAACATTCACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :::
b23367 TGTGTAGCTGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b6800>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b6800',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b6800" target=_"blank">b6800</a> AY691239 Clostridium saccharoperbutylacetonicum   (552 nt)
 initn: 1993 init1: 1993 opt: 2067  Z-score: 81.8  bits: 24.9 E(): 1.8e+02
banded Smith-Waterman score: 2067; 86.1% identity (86.1% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: :: ::::: :::::::: :: :::::::::::::::::::::::::: ::::: 
b6800  GCAACTTTGTTAGCACAAGCAATAATCAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCTGGAGCT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :::::::: ::::: :::: ::: ::::: :  :: :: ::::::::::: :: ::::: 
b6800  AATCCTATTTTAATCAGAACTGGTATTAAAATGGCTGTAGAAAAAGCTGTTGAAGAAATT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
        :::: ::::::::::  ::: ::::::::::::: :: :::::::::::::::::::::
b6800  AAAAAGATTTCTAAGCAAGTAGATGGAAAAGAAGATATCGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::: :: ::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
b6800  GCTGCTGATGAAGAAGTTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAAGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :::::::: ::  :::::::::::::::::::::::::::: :::::::: ::::: :: 
b6800  GGCGTTATTACAATAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAATTAGATGTAGTTGAGGGA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::: ::::::::: ::: ::::::::::::::::::
b6800  ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCACCTTATATGGCTACAGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       :: :::::::: :::::::  ::::::::::: :::::::: ::    ::::: ::::: 
b6800  GCAGTTTTAGAAAATCCATATATATTAATAACTGATAAGAAGATTTCAAATATTCAAGAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        : :::::: : ::::: ::::: :::::: :::: :::::: : ::::: :: ::::: 
b6800  ATCTTACCAGTGCTTGAACAAATCGTTCAATCAGGTAAAAAATTATTAATTATTGCTGAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       :: :: ::::: ::::: ::: :::::::::: ::::::::::::::::::::::: :::
b6800  GACATTGAAGGAGAAGCAATGGCTACATTAGTAGTTAATAAATTAAGAGGAACATTCACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :::
b6800  TGTGTAGCTGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b29176>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29176',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29176" target=_"blank">b29176</a> NZ_LZZM01000143 Clostridium puniceum DSM 2619    (552 nt)
 initn: 2020 init1: 2020 opt: 2053  Z-score: 81.5  bits: 24.9 E(): 1.9e+02
banded Smith-Waterman score: 2053; 85.8% identity (85.8% similar) in 551 nt overlap (1-551:1-551)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: ::: : ::::::::::: :: :::::::::::::: ::::: ::::: ::: : 
b29176 GCAACATTACTTGCTCAAGCAATAATTAGAGAAGGATTAAAGAATGTTACAGCTGGAACT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :::::::: :::::::::: ::: ::::: :  ::::: :: :::::::: :: :: :: 
b29176 AATCCTATTTTAATAAGAACTGGTATTAAAATGGCAGTAGATAAAGCTGTTGAAGAGATC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::: ::::::::::   :: ::::::::::::: :: :::::::::::::::::::::
b29176 CAAAAGATTTCTAAGCAAATAGATGGAAAAGAAGATATCGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       ::  :::::::: :: ::::: : ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
b29176 GCGTCTGATGAAGAAGTTGGTCAATTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :::::::: ::: :::::::::: ::::::::::::::::: :::::::: :::::::: 
b29176 GGCGTTATTACTATAGAAGAATCAAAATCAATGGGAACTGAATTAGATGTAGTTGAAGGA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::: :::: :::: ::: ::::::::::::::::::
b29176 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCACCTTACATGGCTACAGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       :::  ::::::::::::::  :::::::::::::::::::: :: :  ::::: ::::: 
b29176 GCTAATTTAGATAATCCATATATATTAATAACAGATAAGAAGATTACAAATATTCAAGAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        : :::::: ::::::: :::::::::::: :::: :: ::  : ::::: :: :: :: 
b29176 ATTTTACCAATACTTGAACAAATAGTTCAATCAGGTAAGAAGTTATTAATCATTGCAGAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::: ::::::::::: ::: :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
b29176 GATATTGAAGGCGAAGCAATGGCTACATTAGTAGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :: 
b29176 TGTGTAGCTGTA
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b7881>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b7881',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b7881" target=_"blank">b7881</a> CP000721 Clostridium beijerinckii NCIMB 8052      (552 nt)
 initn: 1993 init1: 1993 opt: 2031  Z-score: 81.0  bits: 24.8 E(): 2e+02
banded Smith-Waterman score: 2031; 85.3% identity (85.3% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: ::: : ::::::::::: :: ::::::::  :::: ::::: ::::: :: :: 
b7881  GCAACATTACTTGCTCAAGCAATAATTAGAGAAGGTCTAAAGAATGTTACAGCTGGGGCT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :: :: ::: :::: ::::  :: ::::: :  :: :: :: :::::::: :: ::::: 
b7881  AACCCAATACTAATTAGAACAGGTATTAAAATGGCTGTAGATAAAGCTGTTGAAGAAATC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::: ::::::::::  ::: ::::::::::::: :::::::::::::::::::: :::
b7881  CAAAAGATTTCTAAGCAGGTAGATGGAAAAGAAGATATAGCTAGAGTTGCTGCAATCTCA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::: :: ::::::::::::: :::::::::::::: ::::: :: ::::::
b7881  GCTGCTGATGAAGAAGTTGGTAAGTTAATAGCAGATGCTATGGAGAAGGTTGGTAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :: ::::: ::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: ::::::
b7881  GGAGTTATTACTATAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACAGAGTTAGATGTTGTAGAAGGT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       :::::::: ::::::::::: :::::: ::::::::: ::: ::::::::::::::::::
b7881  ATGCAATTCGATAGAGGATACGTATCACCTTATATGGCTACAGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::::::::: :::::::  ::::::::::: :::::::::::   ::: :::::::: 
b7881  GCTGTTTTAGAAAATCCATATATATTAATAACTGATAAGAAAATTTCTAACATACAAGAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        :::::::: ::::::: :::::::::::: :::: :::::  : ::::: :: ::::: 
b7881  ATATTACCAGTACTTGAACAAATAGTTCAATCAGGTAAAAAGTTATTAATCATTGCTGAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::: ::::: ::::: ::: :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
b7881  GATATTGAAGGAGAAGCAATGGCTACATTAGTAGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :::
b7881  TGTGTAGCTGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b20023>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b20023',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b20023" target=_"blank">b20023</a> CM001240  Clostridium sp. DL-VIII                (552 nt)
 initn: 2005 init1: 2005 opt: 2031  Z-score: 81.0  bits: 24.8 E(): 2e+02
banded Smith-Waterman score: 2031; 85.3% identity (85.3% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: :::::::: :::::::::::::::::::: ::::::::::: ::::::::::: 
b20023 GCAACTTTATTAGCACAAGCAATTATAAGAGAAGGTTTAAAAAATGTTACAGCAGGAGCT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :::::::: :::::::::: ::: :::::::  :: :: :: :::::::: :: ::::: 
b20023 AATCCTATTTTAATAAGAACTGGTATTAAGATGGCTGTAGATAAAGCTGTTGAAGAAATT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
        ::::::: :::::::   :: :::::::::: :: ::::::::::::::::: :: :::
b20023 AAAAAAATCTCTAAGCAAATAGATGGAAAAGAGGATATAGCTAGAGTTGCTGCGATATCA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::: :: : ::::: ::::::::::: ::::::::::::::::::::::::
b20023 GCTGCTGATGAAGAAGTAGGTAAATTAATTGCAGACGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :::::::: ::  ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::
b20023 GGCGTTATTACAATAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTAGTTGAAGGT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       ::::::::::::::::::::::::::  :::: :::: ::: :::: :::::::::::::
b20023 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCTCCTTACATGGCTACAGATAATGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::   :::::: :::::::  ::::::::::: :: :: :: ::    :  :: ::::: 
b20023 GCCAATTTAGAAAATCCATATATATTAATAACTGACAAAAAGATTTCAAGCATTCAAGAA
              370       380       390       400       410       420

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b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        : :::::: ::::::: :::::::::::: :::: :::::::: ::::: :: ::::: 
b20023 ATTTTACCAATACTTGAACAAATAGTTCAATCAGGTAAAAAACTATTAATCATTGCTGAA
              430       440       450       460       470       480

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b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::::::::: ::::: ::: : :::::::: :::::::: ::::::::::::::::::
b20023 GATATAGAAGGAGAAGCAATGGCAACATTAGTAGTTAATAAGTTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :::
b20023 TGTGTAGCTGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b29173>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29173',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29173" target=_"blank">b29173</a> NZ_LZZB01000147 Clostridium beijerinckii NRRL B  (552 nt)
 initn: 1993 init1: 1993 opt: 2031  Z-score: 81.0  bits: 24.8 E(): 2e+02
banded Smith-Waterman score: 2031; 85.3% identity (85.3% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: ::: : ::::::::::: :: ::::::::  :::: ::::: ::::: :: :: 
b29173 GCAACATTACTTGCTCAAGCAATAATTAGAGAAGGTCTAAAGAATGTTACAGCTGGGGCT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :: :: ::: :::: ::::  :: ::::: :  :: :: :: :::::::: :: ::::: 
b29173 AACCCAATACTAATTAGAACAGGTATTAAAATGGCTGTAGATAAAGCTGTTGAAGAAATC
               70        80        90       100       110       120

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b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::: ::::::::::  ::: ::::::::::::: :::::::::::::::::::: :::
b29173 CAAAAGATTTCTAAGCAGGTAGATGGAAAAGAAGATATAGCTAGAGTTGCTGCAATCTCA
              130       140       150       160       170       180

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b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::: :: ::::::::::::: :::::::::::::: ::::: :: ::::::
b29173 GCTGCTGATGAAGAAGTTGGTAAGTTAATAGCAGATGCTATGGAGAAGGTTGGTAATGAA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :: ::::: ::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: ::::::
b29173 GGAGTTATTACTATAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACAGAGTTAGATGTTGTAGAAGGT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       :::::::: ::::::::::: :::::: ::::::::: ::: ::::::::::::::::::
b29173 ATGCAATTCGATAGAGGATACGTATCACCTTATATGGCTACAGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::::::::: :::::::  ::::::::::: :::::::::::   ::: :::::::: 
b29173 GCTGTTTTAGAAAATCCATATATATTAATAACTGATAAGAAAATTTCTAACATACAAGAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        :::::::: ::::::: :::::::::::: :::: :::::  : ::::: :: ::::: 
b29173 ATATTACCAGTACTTGAACAAATAGTTCAATCAGGTAAAAAGTTATTAATCATTGCTGAA
              430       440       450       460       470       480

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b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::: ::::: ::::: ::: :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
b29173 GATATTGAAGGAGAAGCAATGGCTACATTAGTAGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :::
b29173 TGTGTAGCTGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b29876>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29876',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29876" target=_"blank">b29876</a> NHZR01000026  Clostridium  diolis NJP7           (552 nt)
 initn: 1984 init1: 1984 opt: 2022  Z-score: 80.8  bits: 24.7 E(): 2e+02
banded Smith-Waterman score: 2022; 85.1% identity (85.1% similar) in 552 nt overlap (1-552:1-552)
<p>

               10        20        30        40        50        60
b16509 GCTACCTTATTAGCTCAAGCAATTATAAGAGAAGGATTAAAAAATGTAACAGCAGGAGCA
       :: :: ::: : ::::::::::: :: ::::::::  :::: ::::: ::::: :: :: 
b29876 GCAACATTACTTGCTCAAGCAATAATTAGAGAAGGTCTAAAGAATGTTACAGCTGGGGCT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
b16509 AATCCTATATTAATAAGAAATGGAATTAAGACTGCAGTTGAAAAAGCTGTAGAGGAAATA
       :: :: ::: :::: ::::  :: ::::: :  :: :: :: :::::::: :: ::::: 
b29876 AACCCAATACTAATTAGAACAGGTATTAAAATGGCTGTAGATAAAGCTGTTGAAGAAATC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
b16509 CAAAAAATTTCTAAGCCTGTAAATGGAAAAGAAGACATAGCTAGAGTTGCTGCAATTTCA
       ::::: ::::::::::  ::: ::::::::::::: :::::::::::::::::::: :::
b29876 CAAAAGATTTCTAAGCAGGTAGATGGAAAAGAAGATATAGCTAGAGTTGCTGCAATCTCA
              130       140       150       160       170       180

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b16509 GCAGCTGATGAAAAAATTGGTAAGTTAATTGCAGATGCTATGGAAAAGGTAGGAAATGAA
       :: ::::::::: :: ::::::::::::: :::::::::::::: ::::: :: :: :::
b29876 GCTGCTGATGAAGAAGTTGGTAAGTTAATAGCAGATGCTATGGAGAAGGTTGGTAACGAA
              190       200       210       220       230       240

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b16509 GGCGTTATAACTGTAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACTGAGTTAGATGTTGTTGAAGGT
       :: ::::: ::: ::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::: ::::::
b29876 GGAGTTATTACTATAGAAGAATCTAAATCAATGGGAACAGAGTTAGATGTTGTAGAAGGT
              250       260       270       280       290       300

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b16509 ATGCAATTTGATAGAGGATATGTATCAGCTTATATGGTTACTGATACTGAAAAAATGGAA
       :::::::: ::::::::::: :::::: ::::::::: ::: ::::::::::::::::::
b29876 ATGCAATTCGATAGAGGATACGTATCACCTTATATGGCTACAGATACTGAAAAAATGGAA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
b16509 GCTGTTTTAGATAATCCATTAATATTAATAACAGATAAGAAAATAAGTAATATACAAGAT
       ::::::::::: :::::::  ::::::::::: :::::::::::   ::: :::::::: 
b29876 GCTGTTTTAGAAAATCCATATATATTAATAACTGATAAGAAAATTTCTAACATACAAGAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
b16509 TTATTACCATTACTTGAGCAAATAGTTCAAGCAGGCAAAAAACTTTTAATAATAGCTGAC
        :::::::: ::::::: :::::::::::: :::: :::::  : ::::: :: ::::: 
b29876 ATATTACCAGTACTTGAACAAATAGTTCAATCAGGTAAAAAGTTATTAATCATTGCTGAA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
b16509 GATATAGAAGGCGAAGCTATGACTACATTAGTTGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
       ::::: ::::: ::::: ::: :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
b29876 GATATTGAAGGAGAAGCAATGGCTACATTAGTAGTTAATAAATTAAGAGGAACATTTACT
              490       500       510       520       530       540

              550  
b16509 TGCGTTGGAGTT
       :: :: :  :::
b29876 TGTGTAGCTGTT
              550  

</pre>
<hr>
<A name=b29171>
<pre>
>><a onClick="window.open('getRecord.php?id=b29171',
                                'cpndb_record'); return false;" href="getRecord.php?id=b29171" target=_"blank">b29171</a> NZ_LZZA01000139 Clostridium saccharobutylicum N  (552 nt)
 initn: 1957 init1: 1957 opt: 2008  Z-score: 80.5  bits: 24.7 E(): 2.1e+02
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Function used was FASTA [version 35.03 Feb. 18, 2008]
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